Le 22 juin 1886, Michael fut ordonné prêtre dans le diocèse de Chatham, dont faisait alors partie le Madawaska. En août 1887, après avoir desservi la mission d’Indian Point à Andover pendant dix mois, il retourne à Chatham. Le curé de Grand-Sault, l’abbé O’Leary s’occupa par la suite des régions d’Andover et de Tobique. L’abbé O’Brien tomba malade et fut soigné à l’Hôtel-Dieu de Saint-Basile, où il mourut le 2 mars 1899. Il fut inhumé dans le cimetière de la communauté.